Nombre de ses entreprise se solde par un échec, et il subit de lourdes perter financières par suite d'opérations commerciales infructueuses comme ses pêcheries à Port Rossignol, aujourd'hui Liverpool (N.-É.), dans les années 1630, et à l'Île du Cap-Breton dans les années 1650. D'autres initiatives le mettent en conflit avec des commerçants rivaux, et il se fait un ennemi juré du gouverneur Charles de MENOU D'AULNAY.

En 1653, il fait l'acquisition du territoire situé dans le golfe du St-Laurent entre Canso et Gaspé, y compris l'Île du Cap-Breton et les autres îles du Golfe, et le droit de cultiver la terre et de gouverner. Ses plans visant à y amener des colons ne se réalisent pas, mais il continue à exercer son commerce.

Vers 1670, il quitta ses quartiers du Nepisiguit, aujourd'hui Bathurst (N.-B.), qu'il lègue à son fils Richard, et retourna en France où il se consacra à l'écriture. Son ouvrage Description historique et géographique des côtes de l'Amérique septentrionale, publié en 1672, est un compte rendu coloré de la vie en Acadie et nous rappelle que DENYS, en dépit de ses nombreux revers, y favorisa le développement pendant quatre décennies.